Dans son rappport rendu public le 4 avril 2007, la Cour des Comptes considère que " de profonds changements doivent être apportés à l'organisation et au fonctionnement des institutions sociales" et estime nécessaire " rapprocher le cadre juridique de leurs activités et de leurs prérogatives du droit commun du travail et de la sécurité sociale, pour accroître la sécurité juridique de leurs opérations, pour rendre plus transparent leur fonctionnement et pour diminuer fortement leurs coûts de gestion". Enfin la Cour " souligne que l'État doit par ailleurs mettre un terme aux nombreuses incohérences du dispositif actuel du prélèvement de 1 %, sans pour autant accroître son poids".
" ... Le dispositif formé par les institutions sociales du personnel des IEG est hypertrophié .... Les ressources et les emplois des institutions sociales sont insuffisamment connus : il n’existe pas de document qui les présente de manière synthétique ..... Le prélèvement de 1 % est la source essentielle de financement des institutions sociales, mais ce dispositif est fragilisé et doit évoluer... Les modalités de calcul et de perception du prélèvement de 1 % reposent sur des textes partiels, vieux de cinquante ans et pris dans un contexte économique et juridique rendu obsolète par les transformations de l'organisation du secteur liées à l'application des directives européennes....

L'importance des concours des employeurs aux institutions sociales traduit l'existence d'un mode particulier de répartition de la rémunération des salariés qui en bénéficient entre part directe et part indirecte, dans lequel la part indirecte tient une place importante .... Les rôles réservés à l'État et aux employeurs par le statut national dans la vie des institutions sociales sont depuis longtemps inadaptés .... La Cour a relevé divers problèmes d'application des règles de droit, en particulier en matière sociale, fiscale et de concurrence .... "

La Cour des Comptes
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- Rapport de la Cour des Comptes sur la gestion des institutions sociales du personnel des industries électriques et gazières, avril 2007
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