Avec 9.500 variétés de plantes, 14.400 champignons et 48.000 espèces animales, l'Allemagne héberge environ 4% de la faune vivante connue. Le gouvernement allemand a adopté le 7 novembre 2007 une stratégie nationale de protection de la biodiversité. Le texte fixe environ 330 objectifs pour sauvegarder la diversité des espèces et des habitats, et prévoit 430 instruments pour les réaliser.
La biodiversité est menacée et le gouvernement espère à long terme la voir remonter, y compris dans ses spécificités régionales. La ville allemande de Bonn accueillera en mai 2008 la 9ème Conférence des Etats parties de la Convention sur la biodiversité (CBD).